شهيد محمدجواد باهنر در سال ۱۳۱۲ش برابر با ۱۳۵۲ هـ . ق در خانواده اي متدين، در محلهاي معروف به «محلهي شهر» از محله هاي بسيار قديمي و مخروبه كرمان به دنيا آمد. پدرش علي اصغر، مرد متقي و وارسته اي بود و به همين دليل مردم، به ايشان كه فقط سواد قرآني داشت، لقب شيخ علي اصغر داده بودند. علي اصغر پيشهوري ساده بود و تنها از طريق مغازهاي كوچك به امرار معاش خود و خانواده مي پرداخت.
محمدجواد تحصيلات خود را از پنج سالگي با رفتن به مكتب خانه آغاز كرد. او در يازده سالگي به مدرسه علميه معصوميه كرمان رفت و به تحصيل علوم اسلامي پرداخت. محمدجواد همزمان با تحصيلات حوزوي، تحصيلات جديد را در مقاطع ابتدايي و متوسطه به صورت متفرقه ادامه داد و در سال ۱۳۳۲ ديپلم گرفت. وي در اوايل مهر ۱۳۳۲ به قم رفت و در مدرسه فيضيه سكونت گزيد. و در همان سال دوران سطح را در محضر حضرات آيات سيد محمدباقر سلطاني طباطبايي و ميرزا محمدعلي مجاهدي به اتمام رساند و دوره خارج فقه و اصول در محضر آيات عظام سيد حسين بروجردي، امام خميني و علامه سيد محمدحسين طباطبايي آغاز كرد.
باهنر همزمان با دروس حوزوي، تحصيلات خود را در دانشگاه نيز ادامه داد و در سال ۱۳۳۷ در رشته الهيات ليسانس گرفت. سپس تحصيلاتش را در مقطع كارشناسي ارشد علوم تربيتي و پي گرفت و موفق به اخذ دكتراي الهيات از دانشگاه تهران شد.
محمدجواد باهنر در كنار تحصيلات حوزوي و دانشگاهي، به فعاليت هاي فرهنگي، اجتماعي و علمي و سياسي اهتمام ويژه داشت. سيري در عقايد و اخلاق اسلامي، انسان و خودسازي، درسهايي از اسلام براي نوجوانان، فرهنگ انقلاب اسلامي، گذرگاه هاي الحاد، مواضع ما در ولايت و رهبري، اصول دين و احكام براي خانواده، آثاري هستند كه از دكتر باهنر به جاي مانده است.
پس از ارتحال آيت الله بروجردي، نظام پهلوي به فكر انتقال مرجعيت به نجف و بايكوت كردن مخالفان مذهبي داخل كشور افتاد. عدهاي از روحانيون كه وضعيت موجود را بر نمي تابيدند، خواهان اتخاذ روشهاي جديد براي مقابله شدند. به همين منظور عدهاي از آنان و از جمله شهيد باهنر نشريه «مكتب تشيع» را تاسيس كردند. بنيانگذاران اين نشريه بر آن بودند كه از آن، به عنوان شبكه اي براي جذب انسانهاي هدفمند، ترويج انديشه مترقي اسلام انديشه هاي سياسي امام خميني در سراسر كشور استفاده كنند. نخستين شماره اين نشريه، در ارديبهشت ۱۳۳۸ منتشر شد و شهيد باهنر در اداره نشريه نقش اول را داشت و عمده مسؤوليت هاي فرهنگي و بررسي مقالات رسيده به عهده وي بود.
البته حوزه فعاليت فرهنگي شهيدباهنر فقط منحصر به «مكتب تشيع» نبود، بلكه وي علاوه بر مكتب تشيع، در نشريات «مكتب اسلام»، «سالنامه ي مكتب جعفري» و نشريه مربوط به دفتر نشر فرهنگ نيز مقاله مي نوشت.
از جمله گروه هايي كه پس از شروع نهضت امام خميني در سال ۱۳۴۲ تشكيل شد، جمعيت موتلفه اسلامي بود. دكتر باهنر هرچند به طور رسمي وارد شوراي روحانيت نشد، اما نقش مهمي در رهبري هيأت هاي مؤتلفه به عهده داشت. تلاش براي تدوين اساسنامه جمعيت مؤتلفه، آموزش عقيدتي نيروها، تهيه جزوات داخلي و سازماندهي جلسات، بخشي از همكاري هاي دكترباهنر با موتلفه بود.
پس از فاجعه مدرسه فيضيه و كشته و زخمي شدن دهها نفر، فضاي خفقان، ارعاب و سانسور در كشور حكم فرما شد. امام با اعلام اينكه «شاه دوستي، غارتگري، هتك اسلام و تجاوز به حقوق مسلمانان است» راه مخالفت با رژيم را همچنان بازگذاشت. بدين منظور از وعاظ و سخنرانان خواست با فرارسيدن ايام عزاداري محرم، از منابر خود براي روشن كردن ملت و نشان دادن ماهيت رژيم حاكم استفاده كنند. بدين ترتيب شهيدباهنر كه براي تبليغ به همدان رفته بود به افشاگري عليه رژيم پرداخت. او در هفتم محرم ۱۳۴۲ش، پس از يك سخنراني پرشور دستگير شد، اما به دليل هجوم و فشار مردم آزاد شد ولي رژيم او را از همدان اخراج كرد.
پس از دستگيري سران مؤتلفه در جريان مبارزات، شهيد باهنر با همكاري آقايان محمدعلي رجايي، سيد محمد حسيني بهشتي و علي اكبر هاشمي رفسنجاني بنيادي، با عنوان «تعاون و رفاه اسلامي» تشكيل داد. اين بنياد در ظاهر كارهاي امدادي و احداث مدارس و تشكيل قرضالحسنه ها را به عهده داشت، ولي در واقع مركزي براي مبارزات سياسي و فرهنگي عليه رژيم بود. بيشتر كارهاي فرهنگي بنياد به عهده باهنر و رجايي بود.
شهيدباهنر در سال ۱۳۴۴ در آموزش و پرورش استخدام شد و در زمينه تدوين كتابهاي ديني آغاز به فعاليت كرد. وي معتقد بود كه اگر در دوران مبارزات انقلابي، خدمت ناچيزي به انقلاب اسلامي كرده باشد، آن نوشتن كتابهاي تعليمات ديني است.
پس از گسترش اعتراضات و به ويژه كشانده شدن آن به مراكز اقتصادي رژيم و فراگير شدن اعتصابات در ميان كارمندان و در نتيجه يأس و نااميدي در ميان وابستگان به حكومت، اميدواري به پيروزي در بين انقلابيون افزايش پيدا كرد. بدين ترتيب، امام با مشاوره افراد سياسي و مذهبي تصميم گرفت شواريي مركب از افراد برجسته به نام «شوراي انقلاب» تشكيل دهد. فعاليتهاي انقلابي شهيدباهنر در طول دوران نهضت امام، سبب شد تا امام ايشان را به همراه شهيد سيد محمدحسين بهشتي، شهيد مرتضي مطهري، آيت الله سيدعلي خامنه اي و آيت الله علي اكبر رفسنجاني به عنوان اعضاي شوراي انقلاب معين كند.
از مهمترين كارهاي نيروهاي پيرو امام، در بدو پيروزي انقلاب اسلامي، تاسيس و راه اندازي حزب جمهوري اسلامي بود. به اعتقاد باهنر در آن روزهاي حساس و سرنوشت ساز انقلاب، در برابر آن همه حزب سياسي منحرف، وجود يك تشكل اسلامي كه با پيروي از راه امام بتواند، از ارزشهاي حقيقي دفاع كند، ضروري بود. به همين دليل وي همراه ۴ تن از روحانيان برجسته انقلاب، شهيدبهشتي، اكبرهاشمي رفسنجاني، سيدعلي خامنه اي و موسوي اردبيلي با صلاحديد امام خميني، موجوديت حزب را در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ اعلام كرد. و شهيدبهشتي به عنوان اولين دبيركل حزب انتخاب شد. پس از شهادت بهشتي در تير سال ۱۳۶۰، شوراي مركزي حزب جمهوري اسلامي به اتفاق آراء دكترباهنر را به سمت دبيركلي حزب انتخاب كرد. باهنر در طول فعاليتش در حزب، به عنوان نماينده مردم كرمان در مجلس خبرگان قانون اساسي، سپس نمانيده مردم تهران در دوره اول مجلس شواري اسلامي نماينده شوراي انقلاب در وزارت آموزش و پرورش نيز فعاليت داشت.
در تاريخ سال ۱۳۵۹ محمدعلي رجايي به عنوان نخست وزير دولت بني صدر، دكتر باهنر را كه نمايندگي مردم تهران را در مجلس شوراي اسلامي داشت، به عنوان وزير آموزش و پرورش به مجلس معرفي كرد. باهنر به عنوان وزير آموزش و پرورش معتقد بود كه آموزش و پرورش مهمترين نهادي است كه در نظام جمهوري اسلامي بايد به آن پرداخت. به همين دليل حساسيت ويژه اي در اسلامي كردن محيط هاي دانش آموزي گزينش معلمان داشت. باهنر شاخصه اسلامي بودن را حركت در خط امام بيان مي كرد.
پس از بركناري بني صدر و انتخاب محمدعلي رجايي به عنوان رئيس جمهور، مهمترين كار در آن شرايط حساس انتخاب نخست وزير بود. رجايي، دكتر باهنر را در ۱۳ مرداد ۱۳۶۰ به مجلس معرفي كرد. بدين ترتيب باهنر به عنوان دومين نخست وزير انتخاب شد. عمر كابينه باهنر ۱۲ روز بود. اين كابينه فقط توانست يك جلسه كاري برگزار كند و موفق به آغاز مديريت اجرايي نشد. زيرا دكتر محمدجواد باهنر، نخستوزير در ۸ شهريور ۱۳۶۰ هنگامي كه در يكي از كميسيون ها و جلسات شوراي امنيت ملي شركت كرده بود در اثر انفجار بمب، به همراه محمدعلي رجايي رئيس جمهور به درجه رفيع شهادت رسيد.